澎湖水師協為臺灣清領時期軍事組織，隸屬綠營福建水師的臺灣鎮，始於大清帝國將臺灣納入版圖的同一年（康熙23年，1684年），迄於光緒12年（1886年）調升為澎湖水師鎮，存在時間達202年。澎湖水師協最高武官以副將（從二品）為首，其下設左、右兩營，兩營各置游擊一員、守備一員。
