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系統發育學是進化和基因組學領域的交叉。系統發育學通過比較整個基因組或至少大部分基因組來獲取信息。它的四個主要領域屬於系統發育學: 基因功能預測,進化關係的建立和辨析,基因家族進化預測和追溯橫向基因轉移。