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单链构象多态性

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单链构象多态性(英语:single-strand conformation polymorphism,简称为SSCP)是一种分离核酸的技术,可以分离相同长度但序列不同的核酸(性质类似于DGGETGGE,但方法不同)。

原理

在非变性条件下,单链核酸分子由于分子内序列互补,可形成二级三级结构,即不同构象。在凝胶电泳中,未变性的单链核酸分子通过如下性质分离:

  • 链长
  • 分子间相互作用
  • 一级结构:某些位点的一个核苷酸发生改变也可能影响整个构象。

实验步骤

  1. 利用PCR从提取出的DNA中扩增16S rRNA基因。
  2. 利用λ-外切核酸酶消化掉一条链(其中一个PCR引物被磷酸化,这条链将被去除)。
  3. 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)。

应用

  • 单链构象多态性可用于预筛选克隆文库
  • 可对其中的某一个条带进行测序,并与数据库中已知序列比对

参见