網絡模體

複雜的生物調控網絡可以分解為一些基本的結構單元。其中最簡單的網絡模體是自調控的正反饋和負反饋迴路。 其他常見的網絡模體包括信號級聯傳導網絡（cascade）、反饋環（feedback loops）和前饋環（feed-forward loops）等。這些網絡模體是在細胞真實網絡中出現頻率高的基本單元。

網絡拓撲與功能的對應關係：

·自調控的正反饋-延緩響應時間、產生雙穩態。

·自調控的負反饋-加快基因迴路的響應時間、對生成速率的波動有魯棒的性質。

·相互抑制的基因調節網絡-按鍵式開關，也是具有雙穩態的記錄裝置

.非一致型前饋環-自適應、脈衝發生器、信號敏感的響應加速器

.一致型前饋環-信號敏感的延遲元件、非對稱的濾波器

.三節點負反饋迴路-振盪器

.單輸入模塊-調節參與特定的代謝途徑的基因。這個模塊是由主轉錄因子來控制一組相關的基因，可產生時間上的順序關係。有兩個主要類型「後進先出」型和「先進先出」型。

網絡的特徵

.層級性

.模塊化

.魯棒性

.結構冗餘性

.網絡進化

網絡組合設計的原則：

·生物網絡在一定程度上可以看做由功能上相對獨立的模塊構成。例如細胞周期調控模塊、DNA修復損傷模塊等

·設計基因網絡，應該以受擾動變化最小的參數來決定網絡功能。

·超過三節點的網絡，已無法通過窮舉篩選。因此，採用逆向工程的理論計算和模塊組合的方法來構造多節點、多功能的網絡，篩選出較高魯棒性網絡模塊。