小早川水軍（日语：小早川水軍／こばやかわすいぐん Kobayakawasuigun）是小早川家（日语：小早川家）率領的水軍，在小早川隆景一代擔任毛利水軍（日语：毛利水軍）的主力。
天文24年（1555年），在嚴島之戰中，與村上水軍一同作戰等，作為毛利水軍和毛利氏的主力奮戰。天正4年（1576年），在第一次木津川口之戰中，擊敗織田氏的九鬼水軍（日语：九鬼水軍）。
