小早川水军(日语:小早川水軍/こばやかわすいぐん Kobayakawasuigun)是小早川家(日语:小早川家)率领的水军,在小早川隆景一代担任毛利水军(日语:毛利水軍)的主力。
天文24年(1555年),在严岛之战中,与村上水军一同作战等,作为毛利水军和毛利氏的主力奋战。天正4年(1576年),在第一次木津川口之战中,击败织田氏的九鬼水军(日语:九鬼水軍)。