GenBank

GenBank
内容
有機體	所有
相關信息
研究中心	NCBI
发布日期	1982年
访问入口
数据格式	XML; ASN.1; Genbank format;
网站	NCBI
下載地址	ncbi ftp
網絡服務地址	eutils; soap;
工具
Web	BLAST
Standalone	BLAST
其他
许可	Public domain-US Government

基因銀行（GenBank）是一个开放获取的序列数据库（英语：sequence database），对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。

此数据库是国际协作核酸序列数据库（英语：International Nucleotide Sequence Database Collaboration）（INSDC）的一部分，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）主管，NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。GenBank和它的合作者从全球各个实验室接收了超过百万种生物的数据。

成立三十年来，GenBank数据库成为了最重要的也是最有影响力的生物全领域数据库，其数据正被全球数以百万计的研究人员获取与引用。GenBank中的数据量正以每18个月翻一番的速度持续指數增長^[1]^[2]，在2013年2月的版本194中，數據庫包含有1.62億個序列，含有1500億個核苷酸堿基。^[3]

历史

1979年，洛斯阿拉莫斯国家实验室（LANL）理论生物学和生物物理学小组（页面存档备份，存于互联网档案馆）的Walter Goad（英语：Walter Goad）等人建立了洛斯阿拉莫斯序列数据库，最终成为了公共的 GenBank数据库的前身^[4]。1982年，由美国国立卫生研究院、美国国家科学基金会、美国能源部和国防部共同出资，LANL与BBN科技公司合作，成立了GenBank。到1983年底，已有超过2,000个序列被存储在GenBank。

在20世纪80年代中期，斯坦福大学的Intelligenetics bioinformatics公司与LANL合作经营着GenBank项目^[5]。作为最早的互联网生物信息学社区项目，GenBank计划为生物学家打造一个开放获取的BIOSCI（英语：BIOSCI）/Bionet消息社群。1989到1992年，GenBank被转移到新成立的美国国家生物技术信息中心^[6]。

发展

在GenBank的版本162.0（2007年8月）的发行说明中道出：“从1982年到现在，GenBank中的碱基数每隔18个月翻一番。”^[7]

截至2013年7月8日 (2013-07-08)^[update]，GenBank的版本196.0已有165,740,164个基因座，152,599,230,112个碱基，165,740,164个报导序列^[3]。 GenBank数据库还包括一些额外的数据集，不包括在这个统计内。

GenBank中碱基数前二十的物种（版本 191）^[8]
物种	碱基对
智人 Homo sapiens	1.6310774187×10^¹⁰
小家鼠 Mus musculus	9.974977889×10^⁹
褐鼠 Rattus norvegicus	6.521253272×10^⁹
家牛 Bos taurus	5.386258455×10^⁹
玉米 Zea mays	5.062731057×10^⁹
野豬 Sus scrofa	4.88786186×10^⁹
斑馬魚 Danio rerio	3.120857462×10^⁹
紫色球海胆（英语：Strongylocentrotus purpuratus） Strongylocentrotus purpuratus	1.435236534×10^⁹
普通獼猴 Macaca mulatta	1.256203101×10^⁹
水稻 Oryza sativa Japonica Group	1.255686573×10^⁹
红花烟草 Nicotiana tabacum	1.197357811×10^⁹
非洲爪蟾 Xenopus (Silurana) tropicalis	1.249938611×10^⁹
黑腹果蝇 Drosophila melanogaster	1.11996522×10^⁹
黑猩猩 Pan troglodytes	1.008323292×10^⁹
拟南芥 Arabidopsis thaliana	1.144226616×10^⁹
家犬 Canis lupus familiaris	951,238,343
酿酒葡萄 Vitis vinifera	999,010,073
原雞 Gallus gallus	899,631,338
大豆 Glycine max	906,638,854
普通小麦 Triticum aestivum	898,689,329

另见

Ensembl
Human Protein Reference Database (HPRD)
序列分析
UniProt
已测序真核生物基因组列表
已测序古菌基因组列表
RefSeq — the Reference Sequence Database
Geneious — includes a GenBank Submission Tool

参考文献

^ Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2008, 36 (Database): D25–D30. PMC 2238942 . PMID 18073190. doi:10.1093/nar/gkm929.
^ Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2009, 37 (Database): D26–D31. PMC 2686462 . PMID 18940867. doi:10.1093/nar/gkn723.
^ ^3.0 ^3.1 GenBank release notes. NCBI. [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-12-22）.
^ Hanson, Todd. Walter Goad, GenBank founder, dies. Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. 2000-11-21 [2013-12-02]. （原始内容存档于2008-11-07）.
^ LANL GenBank History. [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-03-03）.
^ Benton D. Recent changes in the GenBank On-line Service. Nucleic Acids Research. 1990, 18 (6): 1517–1520. PMC 330520 . PMID 2326192. doi:10.1093/nar/18.6.1517.
^ Dennis A. Benson, Mark Cavanaugh, Karen Clark, Ilene Karsch-Mizrachi, David J. Lipman, James Ostell, Eric W. Sayers. GenBank. Nucleic Acids Research. 2013-01, 41 (Database issue): D36–42 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 3531190 . PMID 23193287. doi:10.1093/nar/gks1195. （原始内容存档于2020-05-14）.
^ Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW. GenBank. Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D32–37. PMC 3013681 . PMID 21071399. doi:10.1093/nar/gkq1079.

本条目引用的公有领域材料来自美国国家生物技术信息中心的文档《NCBI Handbook》。

外部链接

GenBank （页面存档备份，存于互联网档案馆）
Example sequence record, for hemoglobin beta
BankIt （页面存档备份，存于互联网档案馆）
Sequin （页面存档备份，存于互联网档案馆） — a stand-alone software tool developed by the NCBI for submitting and updating entries to the GenBank sequence database.
EMBOSS （页面存档备份，存于互联网档案馆） — free, open source software for molecular biology
GenBank, RefSeq, TPA and UniProt: What's in a Name?（页面存档备份，存于互联网档案馆）
GenBank File-Format Converter （页面存档备份，存于互联网档案馆）

[pmid18073190-1] Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2008, 36 (Database): D25–D30. PMC 2238942 . PMID 18073190. doi:10.1093/nar/gkm929.

[pmid18940867-2] Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2009, 37 (Database): D26–D31. PMC 2686462 . PMID 18940867. doi:10.1093/nar/gkn723.

[ReleaseNotes-3] 3.0 ^3.1 GenBank release notes. NCBI. [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-12-22）.

[lanl2000-4] Hanson, Todd. Walter Goad, GenBank founder, dies. Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. 2000-11-21 [2013-12-02]. （原始内容存档于2008-11-07）.

[lanl1994-5] LANL GenBank History. [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-03-03）.

[pmid2326192-6] Benton D. Recent changes in the GenBank On-line Service. Nucleic Acids Research. 1990, 18 (6): 1517–1520. PMC 330520 . PMID 2326192. doi:10.1093/nar/18.6.1517.

[7] Dennis A. Benson, Mark Cavanaugh, Karen Clark, Ilene Karsch-Mizrachi, David J. Lipman, James Ostell, Eric W. Sayers. GenBank. Nucleic Acids Research. 2013-01, 41 (Database issue): D36–42 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 3531190 . PMID 23193287. doi:10.1093/nar/gks1195. （原始内容存档于2020-05-14）.

[pmid21071399-8] Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW. GenBank. Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D32–37. PMC 3013681 . PMID 21071399. doi:10.1093/nar/gkq1079.

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查论编生物信息学
数据库	测序数据库：GenBank、European Nucleotide Archive（英语：European Nucleotide Archive）、日本DNA数据库(DDBJ) 辅助数据库：UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL 和蛋白质信息资源（英语：Protein Information Resource）其它数据库：蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro（英语：InterPro）专项基因组数据库：酵母基因组数据库（英语：Saccharomyces Genome Database）、FlyBase（英语：FlyBase）、VectorBase（英语：VectorBase）、PomBase、WormBase（英语：WormBase）、PHI-base（英语：PHI-base）、拟南芥信息资源（英语：The Arabidopsis Information Resource）与斑马鱼信息网（英语：Zebrafish Information Network）
软件	BLAST Bowtie Clustal EMBOSS（英语：EMBOSS） HMMER（英语：HMMER） MUSCLE SAMtools（英语：SAMtools） TopHat（英语：TopHat (bioinformatics)）
其它	服务器：ExPASy（英语：ExPASy）本体论：基因本体
机构	欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI) 欧洲分子生物学实验室(EMBL) 美国国家生物技术信息中心（NCBI）瑞士生物信息学研究所（英语：Swiss Institute of Bioinformatics）日本國立遺傳學研究所博德研究所（英语：Broad Institute）维康桑格研究所斯克里普斯研究所(TSRI)
文件格式	FASTA格式 FASTQ格式斯德哥尔摩格式（英语：Stockholm format）
有关议题	计算生物学分子系统发生学测序序列比對
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