蝙蝠冠状病毒Rp3 (Bat SARS-CoV/Rp3/2004)是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒 (SARSr-CoV)的一个病毒株,为SARS-CoV 相关病毒,在中国广西 的皮氏菊头蝠 样本中发现,于2005年发表。
发现
2004年3月至11月,研究人员在中国广东 、天津 、广西 与湖北 四省市采集蝙蝠样本,在广西南宁 皮氏菊头蝠 的粪便样本中发现SARS相关病毒 ,即Rp3病毒,于2005年和Rf1病毒 与Rm1病毒 一起发表[ 1] 。
基因组
Rp3病毒的基因组 长29736nt [ 2] ,序列与SARS-CoV 的相似度为92.6%[ 3] ,其ORF8 和人类以外的大多数SARSr-CoV一样有一段长29nt的插入序列,为一完整的开放阅读框 ,人类的ORF8则因缺少此序列而被分成8a与8b两个较小的开放阅读框。Rp3的ORF8(121个氨基酸 )比人类SARS病毒ORF8辅助蛋白(121个氨基酸)少一个氨基酸,且两者氨基酸序列相似度仅35%[ 1] 。另外Rp3与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域 (receptor binding domain, RBD)有两段分别长5和12个氨基酸的序列缺失(但不见于WIV1病毒 与SHC014病毒 )[ 4] 。
演化树
截至2021年1月 (2021-01 ) [update] ,SARS-CoV 与相关病毒株的系统发生树 :
参考文献
^ 1.0 1.1 1.2 1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses . Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075 . doi:10.1126/science.1118391 (英语) .
^ Bat SARS coronavirus Rp3, complete genome . NCBI . [2021-01-28 ] . (原始内容 存档于2021-10-15).
^ 3.0 3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus . Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X . PMC 4810638 . PMID 26719272 . doi:10.1128/JVI.02582-15 (英语) .
^ 4.0 4.1 4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination . Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X . PMC 4580176 . PMID 26269185 . doi:10.1128/JVI.01048-15 (英语) .
^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea . Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569 . PMC 7089380 . PMID 31076983 . doi:10.1007/s11262-019-01668-w (英语) .
^ 6.0 6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses . Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4 . doi:10.1002/9781118818824.ch5 (英语) .
^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China . Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X . PMC 4054348 . PMID 24719429 . doi:10.1128/JVI.00631-14 (英语) .
^ 8.0 8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor . Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G . ISSN 0028-0836 . PMC 5389864 . PMID 24172901 . doi:10.1038/nature12711 (英语) .