蝙蝠冠状病毒HKU3
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蝙蝠冠状病毒HKU3![]() | |
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病毒分类 ![]() | |
(未分级): | 病毒 Virus |
域: | 核糖病毒域 Riboviria |
界: | 正核糖病毒界 Orthornavirae |
门: | 小核糖病毒门 Pisuviricota |
纲: | 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes |
目: | 套式病毒目 Nidovirales |
科: | 冠状病毒科 Coronaviridae |
属: | 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus |
亚属: | SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus |
种: | |
毒株: | 蝙蝠冠状病毒HKU3 HKU3病毒
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蝙蝠冠状病毒HKU3(BtCoV HKU3;Bat-SARS-CoV HKU3)属严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒(SARSr-CoV),为SARS-CoV相关病毒,在中华菊头蝠样本中发现,是第一个在蝙蝠中发现的SARS相关病毒[1]。HKU3包含13个病毒株,其中HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3于2005年发表,在香港的中华菊头蝠中发现;HKU3-4至HKU3-13于2010年发表,在香港与广东的中华菊头蝠样本中发现。
发表与研究
![](http://images.weserv.nl/?url=//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/79/Naturalis_Biodiversity_Center_-_RMNH.MAM.33160.b_ven_-_Rhinolophus_sinicus_-_skin.jpeg/220px-Naturalis_Biodiversity_Center_-_RMNH.MAM.33160.b_ven_-_Rhinolophus_sinicus_-_skin.jpeg)
2004年至2005年,香港大学的研究人员在香港各地采集动物样本,发现中华菊头蝠样本中含有与SARS-CoV相似的冠状病毒,经全基因组定序得到HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3等三个病毒株[2][3],是首次在蝙蝠样本中发现SARS相关病毒,此前仅知果子狸、貉与鼬獾带有SARS病毒[1][注 1]。HKU3-1、3-2与3-3的基因组约长29700nt,其序列与SARS-CoV相似度为88%,大部分差异位于刺突蛋白(S)、ORF3与ORF8,其中尤以ORF8差异最大,与果子狸SARS病毒一样比人类SARS病毒多了一段长29nt的插入序列(但此29个核酸与果子狸病毒的不完全相同),形成一完整的长开放阅读框,而人类SARS病毒的ORF8则是被分成8a与8b等2个较小的开放阅读框[5]。
2010年,又有10个与此三个病毒株相近的新病毒株被发表,即为HKU3-4至HKU3-13,基因组长度介于29677nt至29716nt之间,这些病毒株来自2004年至2008年采集的中华菊头蝠样本,其中HKU3-7与HKU3-8来自广东的个体,其他则来自香港的个体,香港的8个毒株彼此序列非常接近(相似度99.9%),和广东的毒株相似度则为98.5%,这10个新病毒株与2005年发表的3个病毒株共同组成一个演化支。除HKU3-8外的9个病毒株的ORF8皆与果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2与3-3一样是一个完整的长开放阅读框,HKU3-8在此处则有一段长26nt的缺失(在人类SARS病毒29nt缺失的附近),将ORF8分为3个较小的开放阅读框[6]。
HKU3与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域(receptor binding domain, RBD)有两段分别长5和12个胺基酸的序列缺失(但不见于WIV1病毒与SHC014病毒)[7]
演化树
截至2021年1月[update],SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树:
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SARS-CoV-2 79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
注脚
参考文献
- ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 (英语).
- ^ Bat SARS coronavirus HKU3. NCBI Taxonomy Browser.
- ^ Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3). Uniprot. [2021-01-24]. (原始内容存档于2021-04-13).
- ^ 4.0 4.1 4.2 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 (英语).
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- ^ Lau, Susanna K. P.; Li, Kenneth S. M.; Huang, Yi; Shek, Chung-Tong; Tse, Herman; Wang, Ming; Choi, Garnet K. Y.; Xu, Huifang; Lam, Carol S. F.; Guo, Rongtong; Chan, Kwok-Hung; Zheng, Bo-Jian; Woo, Patrick C. Y.; Yuen, Kwok-Yung. Ecoepidemiology and Complete Genome Comparison of Different Strains of Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Rhinolophus Bat Coronavirus in China Reveal Bats as a Reservoir for Acute, Self-Limiting Infection That Allows Recombination Events. Journal of Virology. 2010, 84 (6): 2808–2819. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.02219-09.
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