使用者:Kakoui/豆芽紋之萌菌

根據ja:もやしもん建立，參考菌種介紹與真菌百科網頁，可以參考的資料庫還有Global Biodiversity Information Facility (GBIF)、microbes.info與Microbiology and Immunology On-line。

• 米麴菌（Aspergillus oryzae），麴菌屬（Aspergillus），髮菌科，創建完成，尚可以自日文版擴充
• 黑黴菌（Cladosporium trichoides），芽枝黴屬（或枝孢黴屬，分枝孢子菌屬，Cladosporium），球腔菌科（Mycosphaerellaceae），球腔菌目（Mycosphaerellales），子囊菌綱（Ascomycetes），子囊菌門
• 產黃青黴菌（Penicillium chrysogenum），青黴屬
• 釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）
• 醋化醋桿菌（Acetobacter aceti），醋桿菌屬（Acetobacter），醋桿菌科（Acetobacteraceae），紅螺菌目
• 木醋醋化醋桿菌（Acetobacter xylinum），醋桿菌屬（Acetobacter），醋桿菌科（Acetobacteraceae），紅螺菌目
• 醋酸鈣不動桿菌（Acinetobacter calcoaceticus），不動桿菌屬（Acinetobacter），莫拉菌科（Moraxellaceae），假單胞菌目（Pseudomonadales），Γ-變形菌綱
• 廣泛產鹼桿菌（Alcaligenes latus），產鹼菌屬（或產鹼桿菌屬，Alcaligenes），產鹼菌科（Alcaligenaceae），伯克氏菌目（Burkholderiales），Β-變形菌綱
• 蜜蜂球囊菌（Ascosphaera apis），球囊菌屬（Ascosphaera），蘑從科（Meripilaceae），多孔菌目
• 互格鏈格孢菌（Alternaria alternata），鏈格孢屬（Alternaria），格孢菌科（Pleosporaceae），格孢菌目（或假球殼目，Pleosporales），格孢菌亞綱（Pleosporomycetidae），座囊菌綱（Dothideomycetes），子囊菌亞門
• 黑酵母菌（或出芽短梗黴菌，Aureobasidium pullulans），黑管狀黃柄黴菌屬（Aureobasidium），小穴殼菌科（Dothioraceae），座囊菌目（或小穴殼菌目，Dothideales），座囊菌亞綱（Dothideomycetidae），座囊菌綱（Dothideomycetes），子囊菌亞門
• 泡盛麴菌（Aspergillus awamori），麴菌屬（Aspergillus），髮菌科
• 醬油麴菌（Aspergillus sojae），麴菌屬（Aspergillus），髮菌科
• 寄生麴菌（Aspergillus parasiticus），麴黴屬（或麴菌屬，Aspergillus），髮菌科
• 薰煙麴菌（或煙色麴菌，Aspergillus fumigatus），麴黴屬（Aspergillus），髮菌科
• 黃麴菌（Aspergillus flavus），麴黴屬（Aspergillus），髮菌科，擴充完成完成
• 黑麴菌（Aspergillus niger），麴黴屬（Aspergillus），髮菌科
• 枯草桿菌（Bacillus subtilis）
• 嗜鹼芽孢桿菌（或極端耐鹼細菌，Bacillus halodurans），芽孢桿菌屬
• 納豆菌（Bacillus subtilis natto），芽孢桿菌屬
• 雙叉乳桿菌（或雙叉雙歧桿菌，Bifidobacterium bifidum），雙歧桿菌屬（Bifidobacterium），雙歧桿菌科（Bifidobacteriaceae），雙歧桿菌目（Bifidobacteriales），放線菌亞綱（Actinobacteridae），放線菌綱
• 灰葡萄孢菌（或灰黴菌，草莓灰黴病菌，貴腐黴菌，Botrytis cinerea），葡孢盤菌屬（Botryotinia），核盤菌科（Sclerotiniceae），柔膜菌目（Helotiales），錘舌菌綱（Leotiomycetes），過去是盤菌綱（Discomycetes），子囊菌亞門
• 短短芽孢桿菌（Brevibacillus brevis），嗜熱短桿菌屬（或短芽孢桿菌屬，Brevibacillus），類芽孢桿菌科（Paenibacillaceae），芽孢桿菌目（Bacillales），芽孢桿菌綱
• 樹脂枝孢黴（Cladosporium resinae），芽枝黴屬（或枝孢黴屬，分枝孢子菌屬，Cladosporium），球腔菌科（Mycosphaerellaceae），球腔菌目（Mycosphaerellales），子囊菌綱（Ascomycetes），子囊菌門
• 肉毒梭狀桿菌（或臘腸桿菌，肉毒桿菌，Clostridium botulinum），梭菌屬
• 產氣莢膜梭狀芽孢桿菌（或產氣莢膜桿菌，產氣莢膜梭菌，Clostridium perfringens），梭菌屬
• 破傷風桿菌（或破傷風梭菌，Clostridium tetani），梭菌屬
• 冬蟲夏草（Cordyceps sinensis）
• 類白喉桿菌（Corynebacterium diphtheroid），棒桿菌屬（Corynebacterium），棒桿菌科（Corynebacteriaceae），棒桿菌亞目（Corynebacterineae），放線菌目（Actinomycetales），放線菌亞綱（Actinobacteridae），放線菌綱
• 球毛殼菌（或球毛殼黴菌，Chaetomium globosum），毛殼菌屬（Chaetomium），毛殼菌科（Chaetomiaceae），糞殼菌目（Sordariales），糞殼菌綱（Sordariomycetes），子囊菌亞門
• [[]]（Corollospora maritima），花冠菌屬（Corollospora），Halosphaeriaceae科（Halosphaeriaceae

），Halosphaeriales目（Halosphaeriales），子囊菌綱（Ascomycetes），子囊菌門

• 耐輻射奇球菌（耐輻射球菌，抗輻射奇異球菌，Deinococcus radiodurans），異常球菌屬（Deinococcus），異常球菌科（Deinococcaceae），異常球菌目（Deinococcales），異常球菌綱（Deinococci），異常球菌-棲熱菌門
• 大腸桿菌（Escherichia coli）
• 陰溝腸桿菌（Enterobacter cloacae，見此），腸桿菌屬
• 粉紅鐮刀菌（Fusarium roseum，參考Gibberella zeae的異名），鐮孢菌屬（新月菌屬，鐮刀菌屬，Fusarium），叢赤殼科（Nectriaceae），肉座菌目（Hypocreales），糞殼菌綱（Sordariomycetes），子囊菌亞門
• 棉花枯萎病菌（尖孢鐮刀菌，Fusarium vasinfectum），鐮孢菌屬（新月菌屬，鐮刀菌屬，Fusarium），叢赤殼科（Nectriaceae），肉座菌目（Hypocreales），糞殼菌綱（Sordariomycetes），子囊菌亞門
• 地黴屬（Geotrichum spp），內孢黴科（Endomycetaceae），酵母目（Saccharomycetales），半子囊菌綱（Saccharomycetes），酵母亞門（Saccharomycotina），子囊菌門
• 叢枝菌根菌（Glomus etunicatum），球囊黴屬（或繡球屬，Glomus），Glomeraceae科（Glomeraceae），Glomerales目（Glomerales），Glomeromycetes綱（Glomeromycetes），聚合菌門（Glomeromycota），真菌界
• 中生擬海殼菌（Halosphaeriopsis mediosetigera），擬海殼屬（Halosphaeriopsis），Halosphaeriaceae科（Halosphaeriaceae），Halosphaeriales目（Halosphaeriales），肉座菌亞綱（Hypocreomycetidae），糞殼菌綱（Sordariomycetes），子囊菌亞門
• 幽門螺桿菌（Helicobacter pylori）
• 東方伊薩酵母（Issatchenkia orientalis），伊薩酵母屬（Issatchenkia），酵母科（或酵母菌科，Saccharomycetaceae），酵母目（或酵母菌目，Saccharomycetales），酵母綱（Saccharomycetes），酵母亞門（Saccharomycotina），子囊菌門
• 流感病毒（influenza virus，インフルエンザウイルス）
• 酸酪乳桿菌（Lactobacillus casei），乳桿菌屬
• 植物型乳桿菌（Lactobacillus sake），乳桿菌屬
• 食果糖乳桿菌（或火落菌，Lactobacillus fructivorans），乳桿菌屬
• 日本乳桿菌（或日產乳酸菌，Lactobacillus yogurti或Lactobacillus yogurt），乳桿菌屬
• 香菇（Lentinula edodes）
• 皮屑芽胞菌（或形糠秕孢子菌，糠加疹小芽胞菌，秕糠馬拉癬菌，糖秕疹小芽胞菌，糠枇小芽胞菌，Malassezia furfur），馬拉色菌屬（Malassezia），Herpotrichiellaceae科（Herpotrichiellaceae），刺盾炱目（Chaetothyriales），子囊菌綱（Ascomycetes），子囊菌門
• 蜂毛黴菌（或霉白黴菌，Mucor mucedo），毛黴屬（Mucor），毛黴科（Mucoraceae），毛黴目（Mucorales），接合菌綱（Zygomycetes），接合菌門
• 微小毛黴菌（或渺小白黴菌，Mucor Pusillus），毛黴屬（Mucor），毛黴科（Mucoraceae），毛黴目（Mucorales），接合菌綱（Zygomycetes），接合菌門
• 犬小芽胞菌（或犬小胞子黴菌，Microsporum canis），小孢子菌屬（或小孢子癬菌屬，Microsporum），裸囊菌科（Arthrodermataceae），爪甲團囊菌目（Onygenales），散囊菌綱
• 趨磁螺旋菌（Magnetospirillum magnetotacticum），磁螺菌屬（Magnetospirillum），紅螺菌科
• 腔隙莫拉菌（Moraxella lacunata），莫拉菌屬（Moraxella），莫拉菌科（Moraxellaceae），假單胞菌目（Pseudomonadales），Γ-變形菌綱
• 甲烷菌（或產甲烷菌，甲烷生成菌，Methanogen）
• 諾羅病毒（Norovirus）
• 大腸桿菌O157:H7（出血性大腸桿菌，Escherichia coli O157:H7），大腸桿菌
• 痤瘡丙酸桿菌（Propionibacterium acnes）
• 環狀皮屑芽胞菌（卵圓皮屑芽胞菌，皮屑芽胞菌，Pityrosporum ovale，可能是Malassezia furfur），糠秕孢子菌屬（瓶形酵母屬，Pityrosporum），黑粉菌綱（Ustilaginomycetes），黑粉菌亞門（Ustilaginomycotina），擔子菌門
• 常現青黴（或常見青黴，Penicillium frequentans），青黴屬
• 類誌賀鄰單胞菌（Plesiomonas shigelloides），鄰單胞菌屬（Plesiomonas），腸桿菌科（Enterobacteriaceae），腸桿菌目（Enterobacteriales），Γ-變形菌綱
• 多頭絨泡黏菌（Physarum polycephalum），絨泡黏菌屬（Physarum），絨泡黏菌科（Physaraceae），絨泡黏菌目（Physarales），黏菌綱
• 深紅酵母（Rhodotorula rubra），紅酵母屬（Rhodotorula），Sporidiobolaceae科（Sporidiobolaceae），擔孢目（Sporidiales），銹菌綱（Urediniomycetes），Teliomycotina亞門（Teliomycotina），擔子菌門
• 鼻病毒（Rhinovirus，RhV），鼻病毒屬（Rhinovirus），微小核糖核酸病毒科
• 日本根黴菌（Rhizopus japonicus），根黴屬
• 寡孢根黴菌（Rhizopus oligosporus），根黴屬
• [[]]（Rubrobacter radiotolerans），紅色桿菌屬（Rubrobacter），紅色桿菌科（Rubrobacteraceae），紅色桿菌亞目（Rubrobacterineae），紅色桿菌目（Rubrobacterales），紅色桿菌亞綱（Rubrobacteridae），放線菌綱
• 葡萄汁酵母（Saccharomyces uvarum），酵母屬（Saccharomyces），酵母科（或酵母菌科，Saccharomycetaceae），酵母目（或酵母菌目，Saccharomycetales），酵母綱（Saccharomycetes），酵母亞門（Saccharomycotina），子囊菌門
• 清酒酵母（Saccharomyces sake），酵母屬（Saccharomyces），酵母科（或酵母菌科，Saccharomycetaceae），酵母目（或酵母菌目，Saccharomycetales），酵母綱（Saccharomycetes），酵母亞門（Saccharomycotina），子囊菌門
• 釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae），酵母屬（Saccharomyces），酵母科（或酵母菌科，Saccharomycetaceae），酵母目（或酵母菌目，Saccharomycetales），酵母綱（Saccharomycetes），酵母亞門（Saccharomycotina），子囊菌門
• 醬油酵母（Saccharomyces rouxii，或魯氏接合酵母，Zygosaccharomyces rouxii），酵母屬（Saccharomyces），或是結合酵母屬（Zygosaccharomyces），酵母科（或酵母菌科，Saccharomycetaceae），酵母目（或酵母菌目，Saccharomycetales），酵母綱（Saccharomycetes），酵母亞門（Saccharomycotina），子囊菌門
• 痢疾志賀氏菌（Shigella dysenteriae），志賀氏菌屬
• 金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）
• 表皮葡萄球菌（或白色表皮葡萄球菌，Staphylococcus epidermidis），葡萄球菌屬（Staphylococcus），葡萄球菌科（Staphylococcaceae），芽孢桿菌目（Bacillales），芽孢桿菌綱
• 乳酸乳球菌（或雷特氏乳球菌，乳酸球菌，Lactococcus lactis，過去是Streptococcus lactis，乳鏈球菌或乳酸鏈球菌，可參考此），乳球菌屬（Lactococcus）或鏈球菌屬（過去），鏈球菌科（Streptococcaceae），乳桿菌目（Lactobacillales），芽孢桿菌綱
• 藤黃八疊球菌（Sarcina lutea），八疊球菌屬（或八基球菌屬，八聯球菌屬，Sarcina），梭菌科（Clostridiaceae），梭菌目（Clostridiales），梭菌綱（Clostridia），厚壁菌門
• 嗜熱棲熱菌（或嗜熱嗜熱菌，高度嗜熱菌，極端嗜熱菌，Thermus thermophilus），棲熱菌屬（Thermus），棲熱菌科（Thermaceae），棲熱菌目（Thermales），異常球菌綱（Deinococci），異常球菌-棲熱菌門
• [[]]（Tricocladium achrasporum，見此）與中生擬海殼菌（Halosphaeriopsis mediosetigera）有關
• 康寧木黴菌（Trichoderma koningii），木黴菌屬（Trichoderma），肉座菌科（Hypocreaceae），肉座菌目（Hypocreales），糞殼菌綱（Sordariomycetes），子囊菌亞門
• 木素木黴菌（或哈茨木黴菌，Trichoderma harzianum），木黴菌屬（Trichoderma），肉座菌科（Hypocreaceae），肉座菌目（Hypocreales），糞殼菌綱（Sordariomycetes），子囊菌亞門
• 松茸（Tricholoma matsutake）
• 鬚瘡毛癬菌（石膏樣毛癬菌，鬚瘡小芽胞黴菌，Trichophyton mentagrophytes），髮癬菌屬（Trichophyton），裸囊菌科（Arthrodermataceae），爪甲團囊菌目（Onygenales），散囊菌綱
• 斷髮癬菌（或斷髮毛癬菌，Trichophyton tonsurans），髮癬菌屬（Trichophyton），裸囊菌科（Arthrodermataceae），爪甲團囊菌目（Onygenales），散囊菌綱
• 紅色毛癬菌（Trichophyton rubrum），髮癬菌屬（Trichophyton），裸囊菌科（Arthrodermataceae），爪甲團囊菌目（Onygenales），散囊菌綱
• 放射魚雷飽菌（Torpedospora radiata），魚雷孢屬（Torpedospora），子囊菌綱（Ascomycetes），子囊菌門
• 霍亂弧菌（Vibrio cholerae）
• 副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）
• 野油菜黃單胞菌（Xanthomonas campestris），黃色單胞菌屬（Xanthomonas），黃色單胞菌科（Xanthomonadaceae），黃色單胞菌目（Xanthomonadales），Γ-變形菌綱
• 毛囊蠕行蹣（或毛囊蟎，毛囊恙蟲，Demodex folliculorum），蠕形蟎屬
• 皮脂腺蠕形蟎（或短蟎，皮脂蟎，Demodex brevis），蠕形蟎屬